Los estudios de la anatomía y fisiología sexual han supuesto un avance imprescindible para el conocimiento de la actividad sexual humana: se observan una serie de diferencias entre hombres y mujeres.

Anatomía genital femenina

El aparato genital de la mujer es externo e interno. 

Genitales externos: los genitales externos no son tan visibles como en el hombre, sólo lo son si la mujer separa ostensiblemente las piernas. Los órganos externos se denominan "vulva" y está formada por los labios mayores, los labios menores, y el vestíbulo vaginal, que contiene el clítoris. Este último órgano permite el disfrute sexual, recibe y transmite estímulos sexuales; esta estructura hunde sus raíces dentro del aparato genital, y tiene una estructura de 5 a 8 centímetros pero sólo se observa su parte exterior (el glande). También se consideran aparatos sexuales el perineo y el ano. Los pechos también tienen importancia en el acto sexual.

Genitales internos: el aparato reproductor de la mujer se compone de la vagina, que en estado de reposo mide de 8 a 10 centímetros y que cuando la mujer es excitada sexualmente puede crecer un 50% —en el parto puede agrandarse hasta permitir el paso de la cabeza y el cuerpo de un bebé—; el cuello cervical, el útero —que puee albergar un feto—, las trompas de falopio y los ovarios.

Anatomía genital masculina

Los genitales externos del hombre son más visibles que los de la mujer. Son el pene —compuesto por las cavidades cavernosas (que se llenan de sangre en estado de excitación y permiten la erección), el glande y el prepucio— y el escroto, una capa de piel que proteje los testículos. También es un aparato sexual el ano.

Los genitales internos son los testículos, en número par, que se alojan en el escroto, y la próstata; entre otros. En los primeros se encuentran las células de Leyding encargadas de producir testosterona y los conductos seminíferos en los que las células de Sértori controlan la producción de espermatozoides. La segunda produce un fluido alcalino que se vierte en la uretra durante la emisión seminal a través de los conductos eyaculadores y vesículas seminales.

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